환상의 포켓몬 루기아 폭탄생

탐욕스러운 수집가 로렌스 3세는 전설의 포켓몬 루기아를 손에 넣으려 한다. 하지만 그러려면 먼저 불, 얼음, 번개의 타이탄을 포획해야 한다. 이 타이탄들은 강력한 새 형태의 포켓몬으로, 만약 방해를 받으면 서로 전쟁을 벌이게 되고 결국 지구가 파멸에 이르게 된다. 지우, 이슬, 로이는 사모튼 섬으로 떠밀려오면서 이 사건에 휘말리게 된다. 곧 지우는 멜로디라는 소녀를 만나고, 그녀는 지우에게 싸움을 잠재울 세 개의 구슬을 모으는 임무를 맡긴다. 하지만 그 전에 지우는 성공을 위해 바다의 수호신 루기아의 도움을 얻어야만 한다.